19 марта 2007 годаФБУ «Служба морской безопасности» успешно прошло сертификацию «BUREAU VERITAS Certification» на соответствие требованиям ИСО 9001:2000.
09.08.2010 г. ФБУ «Служба морской безопасности» аккредитовано Федеральным агентством морского и речного транспорта в качестве специализированной организации на проведение оценки уязвимости объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств в сфере морского и внутреннего водного транспорта.
22.10.2010 г. ФБУ «Служба морской безопасности» аккредитовано Федеральным агентством железнодорожного транспорта в качестве специализированной организации на проведение оценки уязвимости объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств в сфере железнодорожного транспорта.